Rok 1967 to początek historii – przy ulicy Piasta Kołodzieja 7 na osiedlu Tysiąclecia rozpoczęła się budowa Szkoły Podstawowej nr 16 w Płocku. W listopadzie 1969 roku korytarze i sale lekcyjne wypełnił gwar dzieci i młodzieży. Pierwszym dyrektorem – założycielem został Pan Leszek Majewski i sprawował tę funkcję do 1972 roku. W 1971 roku przy placówce powstały nowoczesne obiekty sportowe: trawiaste i asfaltowe boiska do piłki ręcznej, koszykówki i siatkówki, bieżnie, skocznie oraz sala gimnastyczna. Prasa pisała: „Szesnastka zdystansowała wszystkie płockie szkoły”. W 1972 roku dyrektorem został Pan Eugeniusz Iwiński – wielki pasjonat piłki ręcznej.

12 czerwca 1973 roku nasza szkoła otrzymała imię Mikołaja Kopernika oraz sztandar z wizerunkiem wybitnego astronoma. Od zawsze nauczycielom zależało na sukcesach uczniów. Do dziś, co roku wielu z nich jest laureatami prestiżowych konkursów przedmiotowych na szczeblu miejskim, powiatowym, wojewódzkim i ogólnopolskim. Dzieci podziwiały swojego patrona i pragnęły go naśladować. Mikołaj Kopernik przez dziesiątki lat stanowił dla uczniów inspirację i wzór do naśladowania. Dotychczas wskazuje kolejnym pokoleniom drogę do sukcesu, na której ważne są rzetelna nauka i uczciwa praca.  Przypomina im także o konsekwentnym dążeniu do celu i niepoddawaniu się mimo trudności. 

Od samego początku sport, a zwłaszcza popularny szczypiorniak, uważano w naszej szkole za rzecz niezwykle ważną. Do tradycji na stałe weszły mecze piłki ręcznej, podczas których uczniowie rywalizują z nauczycielami. Pierwsze sukcesy sportowe odnotowaliśmy już w 1972 roku. W prasie ukazały się bardzo sugestywne tytuły: „Szesnastka nowym monopolistą”, „Wygrała Szesnastka”.

W powszechnej opinii byliśmy najbardziej usportowioną palcówką edukacyjną nie tylko w mieście, ale i w województwie. Szybko staliśmy się „kuźnią kadr” dla płockich klubów sportowych. To z naszej szkoły wywodzi się cała plejada znakomitych zawodników sekcji piłki ręcznej Wisły Płock, wielokrotnych medalistów mistrzostw Polski, reprezentantów kraju we wszystkich kategoriach wiekowych. Przed laty biegali z piłką po korytarzach i boiskach szesnastki: Andrzej Mokrzki, Artur Niedzielski, Marek Misiak, Marek Krysiński, Piotr Frydrysiak, Grzegorz Koryciński, Dariusz Patora, Dominik Jakubiak, Marcin Krysiak, Konrad Tokarski, Piotr Piórkowski. W 2006 roku stery szkoły objęła Pani Anna Rosińska.

W latach 2008–2009 nasza szkoła przeszła gruntowny remont. Wymieniliśmy okna, wyremontowaliśmy dach, ociepliliśmy budynek i odnowiliśmy elewację. Zadbaliśmy też o nowe ogrodzenie oraz wyposażenie pracowni. Środki finansowe na przeprowadzenie remontów zabezpieczył organ prowadzący szkołę – Gmina Miasto Płock. W 2014 roku miało miejsce uroczyste otwarcie hali sportowo-widowiskowej z pełnowymiarowym boiskiem do gry w piłkę ręczną i widownią na 280 miejsc. Pięć lat później mogliśmy się cieszyć z wybudowania nowoczesnych boisk. I znowu ogromne zasoby finansowe na ten cel zapewniła Gmina Miasto Płock. W styczniu 2020 roku niezwykle uroczyście obchodziliśmy 50-lecie szkoły. Świętowaliśmy w gronie wielu znakomitych gości: przedstawicieli władz miasta, świata sportu, dyrektorów płockich szkół i instytucji kulturalnych, nauczycieli, rodziców i uczniów. W latach 2019–2021, dzięki zaangażowaniu społeczności szkolnej w głosowanie na projekty Budżetu Obywatelskiego Płocka, placówka została wyposażona w interaktywne monitory dotykowe oraz dwie nowoczesne pracownie komputerowe.

1 września 2021 roku pod opieką nowego dyrektora – Pani Elizy Ogorzałej – nasza szkoła rozpoczęła nowy etap w swojej historii.